Pada tanggal 24 November 2009, sekitar pukul 9 pagi, John memasuki gua Nutty Putty Cave di negara bagian Utah bersama saudaranya, Josh, dan beberapa teman lainnya.
Saat mereka masuk, kelompok itu sedang menjelajahi bagian gua yang dikenal sebagai The Big Slide, lalu mereka berpisah, dengan niat John untuk menjelajahi daerah-daerah yang dianggap lebih berbahaya.
John sedang mencari bagian yang disebut Saluran Kelahiran. Dia mengira telah menemukannya, jadi dia terus masuk ke wilayah yang semakin sempit, dengan kepala terbalik. Namun, ternyata itu adalah wilayah yang belum pernah dieksplorasi dan tidak ada peta.
Ketika dia menyadari bahwa dia tidak bisa lagi kembali, dia panik dan satu-satunya gerakan yang bisa dia lakukan adalah maju. Dia melanjutkan sedikit lagi sampai dia terjepit dan tidak bisa lagi bergerak ke arah manapun.
Pada saat itu, John, yang memiliki tinggi 1,80 meter dan berat 86 kilogram, terjebak di lubang dengan lebar 25 cm dan tinggi 45 cm. Saudaranya tiba beberapa waktu kemudian, mencoba membantunya pada saat itu, tetapi sia-sia. Kemudian dia pergi untuk meminta bantuan.
Upaya penyelamatan
Tim penyelamat, yang terdiri dari sekitar 50 orang, tiba dengan cepat, tetapi butuh beberapa jam untuk menemukannya di labirin gua, dia berada 120 meter dari pintu masuk.
Setelah mempelajari situasi dengan baik, dengan bantuan tali dan katrol, tim penyelamat mengikat kaki John dan mulai mengangkatnya. Mereka berhasil mengangkatnya beberapa meter sampai salah satu katrol putus. John hampir berhasil keluar dari bagian paling sulit dari gua tersebut.
Operasi total berlangsung selama 26 jam, hingga John meninggal. Tim kesulitan untuk menjaga kesadarannya dan bernapas. Karena dia terbalik, jantung dan paru-parunya mulai gagal, yang menyebabkan henti jantung. Jika dia tidak berada dalam posisi yang sangat tidak menguntungkan, kemungkinan tim penyelamat akan berhasil dengan lebih banyak waktu.
Setelah kematian John, mereka menyimpulkan bahwa akan sangat berbahaya untuk mencoba mengeluarkan jasadnya, jadi pemilik gua dan keluarga John sepakat untuk menutup gua secara permanen dengan jasad di dalamnya dan membangun sebuah monumen untuk mengenang John.
Bahan peledak digunakan untuk menghancurkan atap dekat jasad Jones. Lubang masuknya diisi dengan beton untuk mencegah akses lebih lanjut, dan keluarga menempatkan batu nisan untuk mengenangnya.
John menikah dengan Emily, pasangan itu memiliki seorang anak dan istri tersebut sedang hamil anak lain. Pada usia 26 tahun, dia belajar kedokteran di Universitas Virginia. Saat ini, Emily menikah dengan Donovan Sanchez, dengan siapa dia memiliki anak lagi. Dia diantar ke pelaminan oleh ayah John. Keluarga mereka masih berkomunikasi dan bersahabat.